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25 April 2012

Discovery of missing links for Salmonella's weapon system



Scientists have discovered multiple gene switches in Salmonella that offer new ways to curb human infection. The discovery of the mechanisms of gene regulation could lead to the development of antibiotics to reduce the levels of disease caused by Salmonella. The breakthrough was made by Professor Jay Hinton, Stokes Professor of Microbial Pathogenesis, Trinity College Dublin and his research team and has just been published in the journal Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).Salmonella causes food poisoning and kills around 400,000 people worldwide every year. The bacteria are particularly effective at causing human infection because they can survive a series of harsh conditions that kill most bacteria including strong acids in the stomach and the anaerobic and salty environment of the intestine.
"It's a decade since we discovered the Salmonella genes active during infection of mammalian cells," said Professor Hinton. "Now we have found the switches that control these critical genes. My team has gained an unprecedented view of the way that Salmonella modulates the level of the weapon systems that cause human disease."
Salmonella bacteria use a variety of proteins that act as weapons to hijack and attack human cells. Despite many decades of research throughout the world, little was understood about the way that Salmonella genes that control this weapon system are switched on. Now Professor Hinton's team has used a new approach to identify the switches of the Salmonella Typhimurium genes. The exciting new findings show that Salmonellabacteria have more than 1,800 switches, called 'promoters' and reveals how they work.
Understanding how Salmonella switches on its genes should aid the discovery of new antibiotics that will knock out the weapon systems ofSalmonella and stop the bacteria causing infection.
The researchers also identified 60 new RNA molecules, called 'small RNAs'. Some of these can actually override the switches of Salmonellagenes.
"Just five years ago, we didn't realise that small RNAs played such an important role -- or that the switches of so many Salmonella genes were controlled by small RNAs. Identifying these small RNAs could lead to completely new ways to prevent bacterial disease, but this will take at least a decade, " said Professor Hinton.
Professor Hinton's team worked in collaboration with the Wellcome Trust Sanger Institute and the University of Würzburg, and used several cutting edge techniques during the project, called chip-chip and RNA-seq. "I think one reason that our findings are making such impact is that this combination of the new technologies has not been used before for a bacterial pathogen" says lead author Dr Carsten Kröger.
Salmonella
Facts:
  • Since the beginning of the 1990s, strains of Salmonella enterica sv. Typhimurium resistant to a range of antibiotics have emerged and are threatening to become a serious public health problem, particularly in developing countries.
  • Symptoms of salmonellosis (food poisoning caused by Salmonella) are fever, headache, abdominal pain, diarrhea, nausea and vomiting, and are usually self-limiting after a week. In some cases, particularly in the young and very elderly, dehydration can become severe and life threatening.
  • Salmonella Typhimurium can be found in a broad range of animals, birds and reptiles as well as the environment. It causes food poisoning in humans mainly through the consumption of raw or undercooked contaminated food of animal origin -- including poultry, eggs, meat, and milk, and also salad vegetables.
Science Foundation Ireland funded the research.

28 September 2010

Las búsquedas en Internet podrían ayudar a predecir la conducta


Las búsquedas en Internet podrían predecir la conducta humana en un futuro cercano aunque no necesariamente mejor que los modelos basados en las fuentes de información tradicionales, según un estudio de Yahoo! Research que se publica en la edición digital de la revista 'Proceedings of the National Academy of Sciences' (PNAS).
Los investigadores utilizaron búsquedas en la web para predecir los ingresos en taquillas, ventas de videojuegos y las 100 canciones más escuchadas en varios periodos de 2009 para evaluar si la búsqueda en Internet puede predecir de forma exacta la actividad humana.
Los autores del trabajo descubrieron que las predicciones basadas en las búsquedas estaban muy asociadas con los resultados reales en películas y ventas de videojuegos pero de forma moderada con la música. Además, los investigadores descubrieron que las predicciones basadas en la información tradicional como la producción de presupuestos, las clasificaciones de la crítica y los ingresos de los avances audiovisuales superaban las predicciones basadas en la búsqueda en el caso de películas, música y secuelas de videojuegos.
Sólo los ingresos de videojuegos que no eran secuelas se predecían de forma más exacta utilizando los datos de las búsquedas en Internet en comparación con los métodos tradicionales.
Los autores sugieren que mientras los datos de búsqueda podrían sólo mejorar las predicciones de forma moderada de tendencias a gran escala, los cambios repentinos en el volumen de búsquedas podrían ayudar a identificar 'puntos de cambio' e incluso se podrían conseguir modestas ganancias en el caso de aplicaciones como el análisis financiero, donde una mínima variación puede ser valiosa

29 January 2010

Un mecanismo que activa la insulina puede mejorar las terapias antidiabéticas

Investigadores de la Universidad de York en Reino Unido han identificado un cambio estructural clave necesario para que la insulina se vuelva activa, lo que podría conducir a una mejora en las terapias antidiabéticas.
La insulina regula los niveles de azúcar en sangre y tienen un amplio impacto sobre el metabolismo de la grasa y las proteínas. Los menores niveles de esta pequeña molécula o la insensibilidad celular a su presencia suele conducir a la diabetes mellitus, una enfermedad que afecta a cerca del 3% de la población mundial. La insulina está formada por dos cadenas de péptidos, una cadena A y una cadena B, estabilizadas por vínculos intramoleculares.
Los científicos, dirigidos por Andrzej Brzozowski, diseñaron y analizaron la estructura de la insulina altamente activa análoga para determinar la estructura exacta de la forma activa de la hormona sobre su receptor, que se desconoce en gran medida. Tras este paso, descubrieron que el acortamiento de uno de los residuos de aminoácido sobre la cadena B de la proteína daba lugar a una transición del componente de la insulina de activa a inactiva. El cambio de forma de la alteración de la proteína reveló aminoácidos ocultos implicados en la unión de la insulina con su receptor. Según los autores, los aminoácidos podrían proporcionar detalles estructurales para métodos experimentales en el diseño de moléculas eficaces para combatir la diabetes. Los resultados del trabajo han sido publicado en la edición digital de la revista Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).

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